2) Насколько говорит мой опыт – да. Особенно плотно я столкнулся с этим, когда делал поиск и сортировку в этом проекте. Очень четко видно, что, если кешировать промежуточные результаты, то при достаточно большом увеличении кеша, движок JS просто парализуется. Исходя из этого, я составил для себя такое правило – если использование кеша не критично с точки зрения алгоритма (и размер кеша предпожительно большой), то быстрее будет вывести значение заново, нежели кешировать его.

1) Eval медленнее большинства операций языка потому что занимается синтаксическим разбором, а это довольно не быстрая вещь. Но eval не будет работать медленнее (так чтобы это было заметно) разбора того же [объема] js-кода заключенного в тег script.
В любом случае можно реорганизовать packer, так чтобы он писал распакованный код в тег скрипт, — и тогда на eval уж точно не попеняешь.

2) А вот насчет сборщика мусора совсем интересно — что-же, если я выделю объем памяти эквивалентный объему занимаемому packerнутому скрипту, (создав, например, здоровенный массив, или лучше строку) — я гарантированно получу те же тормоза?